혹시 동영상이나 swf파일을 페이지 안에 넣었는데,
동영상이나 swf파일 위로 올라와야 할 레이어가 밑으로 들어가버린 적이 있나요?

swf파일이나, 동영상 파일이 z-index 적용이 되지 않는 경우의 예

object는, Wmode를 지정해 주지 않았을 때 Wmode="Window"가 디폴트이기 때문에 그렇다고 하네요.

위와 같은 경우 해결 방법이 있습니다.
embed 태그의 경우 WindowlessVideo="1" 파라미터를 추가,
object(swf) 태그의 경우 <param name="Wmode" value="transparent" /> 를 추가하면 해결됩니다.